澎湖因風景優美且觀光產業發達，是為國人夏季旅遊的好去處。島嶼之間往來的例船、島上旅客交通，如何「綠化」，皆是澎湖低碳島需面對的課題。

島上民生大多依賴自本島的船舶運輸，相較本島，碳足跡會高出許多，若能在此議題上多加著墨，將會向真正的低碳島邁出一大步。